電生理學家及實驗室中其他醫療專業人員將使用各式造影及監測系統，以協助他們操縱導管進入心臟，找出進行燒灼術的確切位置，並評估治療的進展。

此外，由於構造上的差異，有些專科醫師會採取額外步驟，避免傷及食道附近的組織。他們會要求你喝下乳脂狀物質，幫助食道能更清楚地顯現於x光影像。

導管燒灼術使用一系列軟式細長線路(導管)，插入(通常從鼠蹊部或頸部)後經動脈或靜脈，最後導引至心臟。導管的位置可利用螢光鏡來觀察，這是一種利用x光的特殊監測技術。

一旦進入心臟後，會使用一條或多條導管確認異常電訊號的來源。

進行程序時會以藥物來提高心跳速率，也可能使用藥物或電刺激引發異常節律； 如此有助於醫師找出引發心律不整的心臟部位。

程序進行時，有些人可能感覺胸部短暫不適。如果發生這種情形，務必告知醫師，他會使用藥物來緩解症狀。電生理學家找到引發心律不整的源頭後，便會操縱另一條導管至該位置。導管可傳送高能脈衝波以燒灼或破壞異常部位， 這會形成電訊號無法通過的微小疤痕(稱為損傷)。完成有問題部位的燒灼後，醫師會嘗試再次引發心律不整症狀。如果自此能不再引發異常節律，該次治療即算成功；假使頻脈症狀復發，可能需要進一步的燒灼治療。
程序全程(包含電生理檢查與定位)可能需耗費數個小時。


導管在程序完成後隨即取出，然後在插入部位施加壓力以減輕或防止出血，可能還會貼上繃帶。此時務必保持靜止不動，不要移動或彎曲腿部。

一般來說，程序完成後還須在床上靜臥數小時或過夜以接受觀察，次日才能返家。等到能夠起身並四處走動時，可能因為久經躺臥而感到四肢僵硬。

回到家後，必須限制活動數日，避免所有費力的體能活動。大多數人在幾天內便能恢復日常活動。導管插入部位出現小範圍的淤青或腫塊(約核桃大小)是常有的事；但若該處有發熱、敏感或疼痛情形，或已經腫起，便應立即與醫師聯繫。假使出現發燒、眩暈或其他任何症狀，也應立即連絡醫師。務必小心遵守關於藥物使用及追蹤檢查預約的醫囑。