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檢查會由一組人員協助程序進行，並確保患者安全。組員中除了電生理學家外，還有受過特殊訓練的醫療技術人員與護理人員提供協助，並監看患者狀況。 電生理檢查會在具有特殊設備、類似手術室的實驗室中進行；同樣必須遵守維持無菌環境的注意事項。 電生理實驗室具有許多設備，包括一種稱為螢光鏡的x光系統。導管經血管推進、伸入心臟時，電生理學家會觀看 螢幕以追蹤導管的位置檢查時，患者平躺在手術台上，除了插入導管處，其他部份均覆蓋著手術用罩巾；手臂則會接上點滴，傳送所需的藥物。插入導管處則會使用局部麻醉劑。插入部位會有少量出血，但都在控制之中，不會有任何危險。 電生理檢查通常在「朦朧麻醉(conscious sedation)」狀態下進行，也就是使用藥物讓患者鬆弛，可是還不到全身麻醉的程度。醫師會事先告知計畫麻醉的程度。 在檢查中，患者會保持清醒，但必須靜止不動。有些患者會睡著，也有些患者則會觀看監視器、甚至提出問題。 電生理學家會移動導管至各處，測量患者心臟內不同位置的電流。此外，也可能會使用藥物或電脈衝來協助評估你的心臟節律。 過程中，胸部可能會稍微有點不適，但很少會到疼痛的程度。 電生理檢查一般需要1-2小時。如果隨後還要進行其他程序，待在電生理實驗室的時間就可能更久；有些病例長達6小時。
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